לאחר ההדחה המאכזבת ממוקדמות ליגת האלופות הצהובים המשיכו את המסע האירופי של עונת 13/14 עם הופעה שנייה בהיסטוריה בשלב הבתים של האירופה ליג. ההגרלה נראתה לא קלה בכלל כאשר מכבי קיבלה בבית F שלוש יריבות שעל הנייר עדיפות בהרבה ממנה: בורדו, איינטרכט פרנקפורט ואפואל ניקוסיה. כנגד הסיכויים המוקדמים מכבי השיגה תוצאות טובות ועלתה לראשונה בהיסטוריה לשלב 32 האחרונות במפעל לאחר שסיימה במקום השני בבית עם 11 נקודות.
מחזור 1:
מחזור 2:
מחזור 3:
איינטרכט פרנקפורט – מכבי ת"א 0-2
מחזור 4:
מכבי ת"א – איינטרכט פרנקפורט 2-4
מחזור 5:
מחזור 6: