לאחר ההדחה המאכזבת ממוקדמות ליגת האלופות הצהובים המשיכו את המסע האירופי של עונת 13/14 עם הופעה שנייה בהיסטוריה בשלב הבתים של האירופה ליג. ההגרלה נראתה לא קלה בכלל כאשר מכבי קיבלה בבית F שלוש יריבות שעל הנייר עדיפות בהרבה ממנה: בורדו, איינטרכט פרנקפורט ואפואל ניקוסיה. כנגד הסיכויים המוקדמים מכבי השיגה תוצאות טובות ועלתה לראשונה בהיסטוריה לשלב 32 האחרונות במפעל לאחר שסיימה במקום השני בבית עם 11 נקודות. 

מחזור 1:

מכבי ת"א  – אפואל ניקוסיה 0-0

מחזור 2:

בורדו – מכבי ת"א 2-1

מחזור 3:

איינטרכט פרנקפורט – מכבי ת"א 0-2

מחזור 4:

מכבי ת"א – איינטרכט פרנקפורט 2-4

מחזור 5:

אפואל ניקוסיה – מכבי ת"א 0-0

מחזור 6:

מכבי ת"א – בורדו 0-1