אחד מהשחקנים הגדולים של מכבי ת"א בעשור של שנות התשעים עשה את המעבר לעמדת המאמן ולקראת עונת 2002/03 חזר למועדון בו עשה את שנותיו היפות. כשחקן קלינגר זכה עם מכבי בשלוש אליפויות וגם כמאמן הצליח לשים את ידו על התואר ועוד כבר בעונתו הראשונה על הקווים במכבי ת"א. קלינגר הוביל את הצהובים לזכייה דרמטית בתואר במחזור האחרון עם ניצחון 0-3 על הפועל פ"ת באצטדיון רמת גן שעזר לצהובים לזכות באליפות ראשונה לאחר 7 שנים.
את עונת 2003/04 קלינגר ומכבי ת"א אמנם סיימו רק במקום השני אך קיבלו הזדמנות להעפיל לליגת האלופות בעונה שלאחר מכן. הצהובים לקחו את ההזדמנות בשתי ידיים וקלינגר היה זה שהצעיד אותם להופעה הראשונה והיחידה עד היום בשלב הבתים של ליגת האלופות בעונת . בבית שכלל שלוש אלופות אירופה בעבר, יובנטוס האיטלקית, באיירן מינכן הגרמנית ואייאקס ההולנדית קלינגר ומכבי צברו 4 נקודות וסיימו במקום האחרון. הניצחון היחיד של מכבי היה באצטדיון רמת גן על אייאקס, 1-2 מצמד של ברוך דגו.
מלבד ההישג ההיסטורי באירופה קלינגר סיים את עונת 2004/05 עם תואר שני כמאמן מכבי ת"א לאחר זכייה בגביע המדינה. הצהובים עברו את הפועל באר שבע, מ.ס אשדוד, הפועל חיפה ומכבי פתח תקווה לפני שהגיעו לגמר נגד מכבי הרצליה. 120 הדקות הסתיימו בשוויון 2-2 וקלינגר נשם לרווחה רק לאחר דו קרב מהנקודה שהעניק לו גביע ראשון כמאמן. קלינגר סיים את תקופתו כמאמן מכבי ת"א בשלהי עונת 2005/06 וחתם קדנציה מוצלחת של שלוש עונות וחצי עם אליפות, גביע והופעה היסטורית בליגת האלופות.
