אלון נתן סומן ככישרון גדול כבר כשחקן צעיר במחלקת הנוער של המועדון ואת הופעת הבכורה שלו בבוגרים ערך עוד בטרם מלאו לו 17. הקשר המוכשר היה ידוע ביכולתו הטכנית שבזכותה היה חולף על פני מגנים, מבשל וכובש. עבור אוהדי מכבי ת"א הזיכרון הכי חזק מאלון נתן היא יכולתו של הקשר להתעלות במשחקי הדרבי נגד הפועל ת"א כאשר לזכותו ארבעה שערים נגד היריבה העירונית. במשחקו השני בלבד בקבוצה זכה נתן לפתוח לראשונה בהרכב ולהעלות את הצהובים ליתרון בדרבי, אך לצערו היתרון בסיום היה בצד של הפועל ת"א שניצחה 2-1.
ככל שחלפו העונות נתן הלך והשתפר ולאחר 8 שערים בכל המסגרות בעונת 85/86 הגיעה עונת השיא של הקשר ב-86/87. 10 שערי ליגה ואחד בחצי גמר גביע המדינה נגד בית"ר ירושלים היו לנתן בעונה שהסתיימה בזכייה בגביע ראשון לאחר עשור עם ניצחון דרמטי בגמר על מכבי חיפה. אלון נתן השלים זכייה שנייה עם מכבי ת"א בגביע המדינה בעונה שלאחר מכן למרות שבגמר לא שיחק כאשר הצהובים ניצחו 1-2 בדרבי.
נתן כבש 29 שערי ליגה במדי הקבוצה ו-39 בסך הכול בכל המסגרות בין השנים 1984-1990. לצערו של נתן הקריירה שלו תיזכר גם בשל הפציעות הרבות מהן סבל. בעונת 1990/91 עבר נתן לקבוצת בני יהודה אך פציעה נוספת הכריעה אותו, הפעם באופן סופי ונתן נאלץ לתלות את נעליו כאשר הוא בן 23 בלבד. למרות תקופתו הקצרה כשחקן פעיל נתן הצליח להשאיר רושם גדול ובלט כשחקן ברמה גבוהה באחת התקופות הפחות טובות של מכבי ת"א.
