2013/14
עשרים ואחת שנים אחרי ההופעה הראשונה במפעל אירופי הצהובים עשו היסטוריה כאשר שיחקו לראשונה בתולדות המועדון בשלב נוקאאוט של מפעל אירופי. לאחר שעברו את שלב הבתים באירופה ליג בבית שכלל את פרנקפורט, בורדו ואפואל ניקוסיה עלו הצהובים לשלב 32 האחרונות במפעל. כשפתק ההגרלה יצא עם השם של פ.צ באזל תחושה של דז'ה וו עטפה את אנשי מכבי ת"א. רק כחצי שנה לפני כן השוויצרים הדיחו את הצהובים במוקדמות ליגת האלופות כולל 3-3 מדהים בגומלין בבלומפילד.
לצערם גם בפעם השנייה בעונת 13/14 שחקני מכבי ת"א לא הצליחו לעבור את המשוכה השוויצרית הקשה. ההגרלה הפכה את סדר המשחקים מהמפגש הקודם בין הקבוצות והפעם היו אלה הצהובים שאירחו את המשחק הראשון בבלומפילד. החניכים של פאולו סוזה חיפשו את השער אך לא הצליחו לפרוץ את הגנת באזל ועשו את הדרך לגומלין בשוויץ עם תיקו 0-0. את המשחק השני נזכור בעיקר בגלל רגע שהגיע לפני בעיטת הפתיחה כאשר ברק יצחקי קרע את הרצועה הצולבת בברכו בחימום שלפני המשחק. על המגרש מכבי ת"א לא הצליחה למצוא תשובה ליכולת הגבוהה של באזל שניצחה 3-0 והמשיכה הלאה במפעל.
למרות האכזבה מול באזל העונה האירופית המצוינת של מכבי ת"א הביאה לזינוק אדיר של 71 מקומות בדירוג אופ"א והתקרבות למאה הקבוצות הטובות ביבשת.
שלב 32 האחרונות:
2020/21
ההופעה השנייה בתולדות המועדון בשלב 32 האחרונות של הליגה האירופית זימנה לצהובים מפגש כפול מול שחטאר דונייצק מאוקראינה. בשל מגפת הקורונה שהתפרצה בעולם כולו באותה עת נאלצה מכבי לארח את המשחק הראשון בבלומפילד כאשר היציעים ריקים מאדם. הצהובים נתקלו ביריבה חזקה, במדיה גם שיחק הישראלי מנור סולומון, שהצליחה להשיג ניצחון 0:2 ומקדמה משמעותית לקראת הגומלין.
במשחק הגומלין שנערך באיצטדיון אולימפסקי בקייב שחקניו של פטריק ואן לוון הציגו במשך דקות ארוכות כדורגל מצוין, הגיעו להזדמנויות רבות אך לא הצליחו למצוא את הרשת. בסופו של דבר שער של ג'וניור מוראיס העניק לשחטאר ניצחון 0:1 בגומלין ו-0:3 בסיכום שני המשחקים.
