מכבי תל אביב נטלה חלק גם בגביע האינטרטוטו, מפעל ששוחק בפעם האחרונה ב-2008 לפני שבוטל ע"י אופ"א. המפעל האחרון בחשיבותו היווה כרטיס כניסה לגביע אופ"א ונועד בכדי לתת הזדמנות נוספת לקבוצות ולמדינות לא מדורגות להשתלב במפעל השני בחשיבותו. ארבע פעמים בהיסטוריה השתתפה מכבי ת"א במפעל הכי "פופולרי" עבור הקבוצות הישראליות.
חמש עשרה קבוצות ישראליות לקחו חלק במפעל שהחל עבורן את העונה בשלב מוקדם מאוד של טרום העונה. העונה הראשונה בה מכבי ת"א השתתפה במפעל הייתה 1977/78 כאשר בעונה שאחריה מכבי שיחקה באותו בית עם מכבי נתניה שזכתה במפעל. בעונת 1980/81 מכבי תל אביב שוב הוגרלה לאותו בית עם מכבי נתניה והעונה הרביעית והאחרונה בה השתתפה במפעל הייתה 1993/94.
המאזן של הצהובים במפעל אינו מרשים במיוחד כאשר דווקא שלושת הניצחונות היחידים שלה היו מרשימים למדי: 3-4 על טוונטה ההולנדית, 1-5 על פירסט וינה האוסטרית ו 0-3 על פ.צ ציריך השוויצרית. מלבד התוצאות הללו מכבי ת"א רשמה שלוש תוצאות תיקו ושישה עשר הפסדים במפעל הפחות אהוב על הצהובים.
