יונתן כהן הבטיח את עתידו במועדון כשהקיצוני המוכשר בן ה-22 חתם על חוזה חדש ל-3.5 שנים שישאיר אותו במכבי עד סוף עונת 2021/22.

כהן, תוצר מחלקת הנוער כבש שני שערים בחמש הופעות העונה, כשמצא את הרשת פעמיים בניצחון 1-4 בדרבי על הפועל תל אביב בגביע הטוטו. כהן גם כבש בהופעת הבכורה שלו בבוגרים בניצחון 0-2 על טיראנה האלבנית במסגרת מוקדמות האירופה ליג ביוני 2017. הוא ערך חמש הופעות נוספות במוקדמות האירופיות ובגביע הטוטו לפני שחזר לעונת השאלה נוספת בבני יהודה במדיה כבש 8 שערים ב-37 הופעות בכל המסגרות. לכהן היה תפקיד משמעותי בעונת הזכייה של בני יהודה בגביע המדינה כשהושאל לכתומים ב-2016/17 וכבש 9 שערים ב-37 הופעות בכל המסגרות, כולל פנדל מוצלח בדו קרב בגמר נגד מכבי ת"א באצטדיון טדי. באוגוסט 2015, ערך כהן שיחק לראשונה בבוגרים במסגרת השאלה לבית"ר תל אביב רמלה כשכבש 13 שערים ב-38 הופעות בליגה השנייה. 

כהן שיחק במדי הנבחרת הצעירה 7 משחקים ולזכותו 2 שערים, כשהרקורד המרשים שלו בקבוצת הנוער של מכבי ת"א מורה על 31 שערים ב-59 הופעות.

כהן, אמר לאתר הרשמי: "אני שמח לחתום על חוזה חדש במועדון בו גדלתי מגיל צעיר. חובת ההוכחה היא עכשיו עלי להצדיק את כל האמון שניתן בי".

מנכ"ל המועדון, בן מנספורד, הוסיף: "להודיע כי בוגר נוסף של מחלקת הנוער נוסף הבטיח את עתידו במועדון, גורם לי תחושת סיפוק רב בכל פעם מחדש. ההחתמה הספציפית הזאת מספקת אותי במיוחד מכיוון שהגיעה מבחור צעיר שהפגין אופי ומקצוענות ברגע שהחליט שברצונו להישאר ולהילחם על מקומו בסגל החדש. משלב מאוד מוקדם בטרום העונה, יוני הבהיר שברצונו להיות חלק מהסגל של ולדימיר איביץ' העונה והוא רוצה שהעתיד שלו יהיה בצהוב של מכבי. למרות שהוא לא משחק את כמות הדקות שהוא היה רוצה, יוני, המשיך להפגין את רוח המכביזם ולדחוף את חבריו לקבוצה קדימה. יוני נחוש להצליח במדים הצהובים ומכאן החשיבות שבהחתמה שלו כאישיות וכשחקן ב-3.5 השנים הקרובות. אני מאמין כי ליוני יהיה תפקיד משמעותי בהישגים שמכבי שואפת להגשים בשנים הקרובות".