באקדמיית הנוער של המועדון ע״ש אבי כהן קיימות מגוון רחב של מחלקות אשר מטרתן לקדם ולייעל את התפתחות השחקנים הצעירים. אחת מהן היא המחלקה הרפואית, אותה מנהל שניר קוניק.
יחד עם ראש המחלקה
, ישנם 2 פיזיותרפיסטים נוספים, מעסה ומערך חובשים. המחלקה בכללותה שואפת לתת מענה אופטימלי לכל השחקנים אשר נדרשים לכך, בין אם משלוחות הצפון או הדרום, בין אם הם שחקני טרום ד' או שחקני נוער. מבחינת הצוות אין הבדל בטיפול שכל ילד יקבל עד לחזרה מלאה למגרש. המועדון שם בפני מאמניו ושחקניו מטרה- אימונים קרובים לתנאי משחק. תפקיד המחלקה הוא לדאוג שהשחקנים הפצועים/חולים יחזרו לפעילות הקבוצתית ללא חוסרים גופניים אשר יובילו לפציעה עתידית אפשרית.
המחלקה הרפואית בעצם נותנת מענה לכל שחקן, מכל קבוצת גיל, אשר חלה או נפצע וצריך לעבור תהליך שיקום לפני החזרה לאימונים ולמשחק פעיל. תפקיד המחלקה לוודא שהשחקן הפצוע לא יחזור תוך זמן קצר עם פציעה חוזרת, אלא לדאוג למעבר חלק לאימונים, כלומר שהשחקנים אשר מגיעים עם פציעה מסוימת יחזרו לקבוצות שלהם חזקים יותר ממה שהיו ומוכנים יותר לרמת האינטנסיביות הנדרשת מהם בכל אימון. שחקן אשר נפצע, יוצא מקצב האימונים של הקבוצה ולכן יכול לחזור רק כאשר הוא מסוגל לעמוד בהם.
בנוסף לשיקום הפצועים, בשילוב עם מחלקת מדעי הספורט של אנטוניו, המחלקה הרפואית מנהלת מעקב אנתרופומטרי אחר שחקני המחלקה הכוללים מדידות כמו: גובה, משקל ומדידות נוספות אשר מטרתן זיהוי פקטורים היכולים להעיד על פציעה או עומס אפשרי ובכך להקדים תרופה למכה.
בנוסף לאלו, המועדון שם לנגד עיניו את חינוך הדור הצעיר, ותפקיד המחלקה הרפואית היא חינוך רפואי-ספורטיבי. המטרה היא שינוי גישת השחקנים בנוגע לפציעות וכאבים (מפאסיבי לאקטיבי), הקניית מיומנויות לטיפול עצמי, הכנה גופנית לאימון ומשחק, שימור הגוף וכשירותו ליחידת האימון הבאה.
המחלקה עובדת בשיתוף פעולה מלא עם המחלקה הרפואית של קבוצת הבוגרים כך שבמקרים בהם זה נדרש, קיימת אפשרות לייעוץ רפואי במסגרת המועדון ודואגים לספק את המענה הרפואי המלא.
