החלוץ הלטבי הגבוה הגיע למכבי ת"א בעונת 2002/03 לאחר שהרשים עונה לפני כן במכבי קרית גת שירדה מליגת העל. כבר במשחקו הראשון במדי מכבי ת"א כבש פרוחננקובס ועזר לצהובים לנצח את לבאדיה טאלין במסגרת גביע אופ"א (אירופה ליג דהיום) 0-2. פרוחננקובס הותיר חותם גדול בעונתו הראשונה בקרית שלום עם כמה שערים מכריעים שתרמו לאליפות של מכבי ת"א. נקודת הציון הראשונה של הצהובים באותה עונה הגיעה בתחילת הסיבוב השני כאשר הצהובים יצאו למשחק חוץ נגד מכבי חיפה בקרית אליעזר.
לאחר 1-1 בתום 45 דקות פרוחננקובס כבש והחזיר את היתרון לצהובים שבסופו של דבר ניצחו את יריבתם העיקרית לאליפות 2-3. גם במשחק השני בין הקבוצות, לפרוחננקובס הייתה תרומה חשובה כאשר רבע שעה לסיום כבש את הראשון של הצהובים בניצחון 0-2. גם ברגע המכריע ביותר של העונה, במחזור האחרון נגד הפועל פתח תקווה היה זה פרוחננקובס ששבר את הקרח. אצטדיון רמת גן מלא עד אפס מקום באוהדים צהובים חיכה 63 דקות עד אשר הלטבי כבש את הראשון בניצחון 0-3 שהעניק לצהובים אליפות דרמטית.
את העונה שלאחר מכן החל פרוחננקובס רק בחודש פברואר עקב פציעה קשה שעבר. 15 משחקי ליגה היו ללטבי בעונת 2003/04 בהם כבש 4 שערי ליגה שעזרו למכבי ת"א לסיים במקום השני ולהיכנס למוקדמות ליגת האלופות. בתום העונה השתתף פרוחננקובס באליפות אירופה בפורטוגל עם נבחרתו לטביה ובתום הטורניר קיבל הצעה מדינמו מוסקבה ועבר לשחק ברוסיה. לאחר חצי שנה חזר פרוחננקובס לקדנציה שנייה במכבי ת"א באמצע עונת 2004/05, לאחר שהקבוצה סיימה את קמפיין ליגת האלופות. הלטבי הוסיף עוד שלושה שערים במדים הצהובים וחגג בתום העונה תואר שני עם מכבי ת"א שזכתה בגביע המדינה לאחר ניצחון בפנדלים על מכבי הרצליה.
